L’Adour, de sa source à Bagnère de Bigorre, jusqu’à son embouchure à Bayonne, a été retenu pour intégrer le réseau NATURA 2000, qui vise à préserver des habitats et des espèces remarquables de l’Europe. En région Aquitaine, il s’agit du site Natura 2000 "L’Adour", classé principalement pour les poissons : aloses, lamproies, saumon, ainsi que le Vison d’Europe et une fleur, l’angélique des estuaires.

Des mesures de conservation seront mises en place, en concertation avec les collectivités, les gestionnaires, les professionnels et les associations, rassemblés dans un Comité de Pilotage (Copil). L’Institution Adour a été désignée par ce Copil pour élaborer un plan de gestion du site appelé "Document d’objectifs" (Docob).

Il porte également l'élaboration du Docob du site Natura 2000 "Vallée de l'Adour", en Midi-Pyrénées.